Вищим органом профспілки є з’їзд, який скликається Центральною радою профспілки один раз на п’ять років.
Норма представництва, порядок і терміни виборів делегатів на з’їзд визначаються Центральною Радою профспілки. Делегатами з’їзду за посадами є голова профспілки та його заступники.
У період між з’їздами вищим виборним органом профспілки є Центральна рада профспілки, яка формується з’їздом і здійснює заходи щодо реалізації стратегічних завдань і тактики профспілки, виконання Статуту, рішень з’їзду, вирішує інші питання, які належать до компетенції Ради.
У період між засіданнями Центральної ради профспілки поточну роботу проводить президія, яка формується Центральною радою профспілки з його членів і є підзвітна та підконтрольна Центральній раді профспілки.
Вищою посадовою особою Укрнафтогазпрофспілки є голова профспілки, який обирається з’їздом на термін повноважень виборного органу.
Голова профспілки, заступник голови профспілки за посадою одночасно являються головою Центральної ради та заступником голови Центральної ради профспілки.
Голова профспілки підзвітний з`їзду, в період між з’їздами – Центральній раді профспілки.
Статутна (мандатна) комісія Укрнафтогазпрофспілки обирається на з’їзді на п’ять років.
Повноваження комісії починаються з моменту оголошення рішення про її обрання і закінчуються з моменту прийняття рішення про обрання нового складу комісії.
Ревізійна комісія Укрнафтогазпрофспілки здійснює громадський контроль за виконанням профспілкового кошторису, правильністю і доцільністю використання коштів, майна профспілки, ведення діловодства, обліку, звітності, своєчасним розглядом листів і заяв у профспілці.